Liens externes
  • Directories
  • Faculties
  • Libraries
  • Campus maps
  • Sites A to Z
  • My UdeM
    • Mon portail UdeM
    • My email
    • StudiUM
Dessin du pavillon Roger Gaudry/Sketch of Roger Gaudry Building
University Home pageUniversity Home pageUniversity Home page
Papyrus : Institutional Repository
Papyrus
Institutional Repository
Papyrus
    • français
    • English
  • English 
    • français
    • English
  • Login
  • English 
    • français
    • English
  • Login
View Item 
  •   Home
  • Faculté des arts et des sciences
  • Faculté des arts et des sciences – Département d'informatique et de recherche opérationnelle
  • Faculté des arts et des sciences – Département d'informatique et de recherche opérationnelle - Thèses et mémoires
  • View Item
  •   Home
  • Faculté des arts et des sciences
  • Faculté des arts et des sciences – Département d'informatique et de recherche opérationnelle
  • Faculté des arts et des sciences – Département d'informatique et de recherche opérationnelle - Thèses et mémoires
  • View Item
JavaScript is disabled for your browser. Some features of this site may not work without it.

My Account

To submit an item or subscribe to email alerts.
Login
New user?

Browse

All of PapyrusCommunities and CollectionsTitlesIssue DatesAuthorsAdvisorsSubjectsDisciplinesAffiliationTitles indexThis CollectionTitlesIssue DatesAuthorsAdvisorsSubjectsDisciplinesAffiliationTitles index

Statistics

View Usage Statistics
Show metadata
Permalink: http://hdl.handle.net/1866/3868

Algorithmes pour la réconciliation d’un arbre de gènes avec un arbre d’espèces

Thesis or Dissertation
Thumbnail
Doyon_Jean-Philippe_2010_these.pdf (1.549Mb)
2010-04 (degree granted: 2010-06-03)
Author(s)
Doyon, Jean-Philippe
Advisor(s)
Hamel, Sylvie
Chauve, Cedric
Philippe, Hervé
Level
Doctoral
Discipline
Informatique
Keywords
  • Famille de gènes
  • Gene family
  • Duplication de gène
  • Gene duplication
  • Perte de gène
  • Gene loss
  • Homologie
  • Homology
  • Génomique comparative
  • Comparative genomics
  • Arbre d’espèces
  • Species tree
  • Arbre de gènes
  • Gene tree
  • Coévolution
  • Coevolution
  • Probabilité
  • Probability
  • Réconciliation
  • Reconciliation
  • Parcimonie
  • Parsimony
  • Évolution
  • Evolution
  • Phylogénétique
  • Phylogenetic
  • Applied Sciences - Computer Science / Sciences appliqués et technologie - Informatique (UMI : 0984)
Abstract(s)
Une réconciliation entre un arbre de gènes et un arbre d’espèces décrit une histoire d’évolution des gènes homologues en termes de duplications et pertes de gènes. Pour inférer une réconciliation pour un arbre de gènes et un arbre d’espèces, la parcimonie est généralement utilisée selon le nombre de duplications et/ou de pertes. Les modèles de réconciliation sont basés sur des critères probabilistes ou combinatoires. Le premier article définit un modèle combinatoire simple et général où les duplications et les pertes sont clairement identifiées et la réconciliation parcimonieuse n’est pas la seule considérée. Une architecture de toutes les réconciliations est définie et des algorithmes efficaces (soit de dénombrement, de génération aléatoire et d’exploration) sont développés pour étudier les propriétés combinatoires de l’espace de toutes les réconciliations ou seulement les plus parcimonieuses. Basée sur le processus classique nommé naissance-et-mort, un algorithme qui calcule la vraisemblance d’une réconciliation a récemment été proposé. Le deuxième article utilise cet algorithme avec les outils combinatoires décrits ci-haut pour calculer efficacement (soit approximativement ou exactement) les probabilités postérieures des réconciliations localisées dans le sous-espace considéré. Basé sur des taux réalistes (selon un modèle probabiliste) de duplication et de perte et sur des données réelles/simulées de familles de champignons, nos résultats suggèrent que la masse probabiliste de toute l’espace des réconciliations est principalement localisée autour des réconciliations parcimonieuses. Dans un contexte d’approximation de la probabilité d’une réconciliation, notre approche est une alternative intéressante face aux méthodes MCMC et peut être meilleure qu’une approche sophistiquée, efficace et exacte pour calculer la probabilité d’une réconciliation donnée. Le problème nommé Gene Tree Parsimony (GTP) est d’inférer un arbre d’espèces qui minimise le nombre de duplications et/ou de pertes pour un ensemble d’arbres de gènes. Basé sur une approche qui explore tout l’espace des arbres d’espèces pour les génomes considérés et un calcul efficace des coûts de réconciliation, le troisième article décrit un algorithme de Branch-and-Bound pour résoudre de façon exacte le problème GTP. Lorsque le nombre de taxa est trop grand, notre algorithme peut facilement considérer des relations prédéfinies entre ensembles de taxa. Nous avons testé notre algorithme sur des familles de gènes de 29 eucaryotes.
 
A reconciliation between a gene tree and a species tree depicts an evolutionary scenario of the homologous genes in terms of gene duplications and gene losses. To infer such a reconciliation given a gene tree and a species tree, parsimony is generally used according to the number of gene duplications and/or losses. The combinatorial models of reconciliation are based on probabilistic or combinatorial criteria. The first paper defines a simple and more general combinatorial model of reconciliation which clearly identifies duplication and loss events and does not only induce the most parsimonious reconciliation. An architecture of all possible reconciliations is developed together with efficient algorithms (that is counting, randomization, and exploration) to study combinatorial properties of the space of all reconciliations or only the most parsimonious ones. Based on the classical birth-death process, an algorithm that computes the likelihood of a reconciliation has recently been proposed. The second paper uses this algorithm together with the combinatorial tools described above to compute efficiently, either exactly or approximately, the posterior probability of the reconciliations located in the considered subspace. Based on realistic gene duplication and loss rates and on real/simulated datasets of fungal gene families, our results suggest that the probability mass of the whole space of reconciliations is mostly located around the most parsimonious ones. In the context of posterior probability approximation, our approach is a valuable alternative to a MCMC method and can competes against a sophisticated, efficient, and exact computation of the probability of a given reconciliation. The Gene Tree Parsimony (GTP) problem is to infer a species tree that minimizes the number of duplications and/or losses over a set of gene family trees. Based on a new approch that explores the whole species tree space for the considered taxa and an efficient computation of the reconciliation cost, the third paper describes a Branch-and- Bound algorithm that solves exactly the GTP problem. When the considered number of taxa is too large, our algorithm can naturally take into account predefined relationships between sets of taxa. We test our algorithm on a dataset of eukaryotic gene families spanning 29 taxa.
Collections
  • Thèses et mémoires électroniques de l’Université de Montréal [17174]
  • Faculté des arts et des sciences – Département d'informatique et de recherche opérationnelle - Thèses et mémoires [732]

DSpace software [version 5.8 XMLUI], copyright © 2002-2015  DuraSpace
Contact Us | Send Feedback
Certificat SSL / SSL Certificate
les bibliothéques/UdeM
  • Emergency
  • Private life
  • Careers
  • My email
  • StudiUM
  • iTunes U
  • Contact us
  • Facebook
  • YouTube
  • Twitter
  • University RSS
 

 


DSpace software [version 5.8 XMLUI], copyright © 2002-2015  DuraSpace
Contact Us | Send Feedback
Certificat SSL / SSL Certificate
les bibliothéques/UdeM
  • Emergency
  • Private life
  • Careers
  • My email
  • StudiUM
  • iTunes U
  • Contact us
  • Facebook
  • YouTube
  • Twitter
  • University RSS