Browsing Thèses et mémoires de l’Université de Montréal by Discipline "Bio-informatique"
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Development of bio-informatic tools to unveil the hybrid MHC-I immunopeptidome
(2022-11-24)La chimiothérapie demeure jusqu’à présent l’approche thérapeutique la plus utilisée pour combattre le cancer. Cependant, la chiomiothérapie affecte les cellules normales et détériore ainsi de manière importante la santé des patients. En revanche, ... -
Développement de méthodes bio-informatiques pour la découverte de variants codants et non codants dans le cadre des traits sanguins
(2021-01-14)La santé cardiovasculaire, la fonction immunitaire, l'hémostase et la réponse à d'autres maladies dépendent de l'abondance et des caractéristiques spécifiques des cellules sanguines. Au fil des années, un effort considérable a été fait pour trouver les ... -
Développement de méthodes d'assemblage de génomes de novo adaptées aux bactéries endosymbiotes
(2015-10-15)Le but de ce projet était de développer des méthodes d'assemblage de novo dans le but d'assembler de petits génomes, principalement bactériens, à partir de données de séquençage de nouvelle-génération. Éventuellement, ces méthodes pourraient être ... -
Développement d’outils pour l’analyse de données de ChIP-seq et l’identification des facteurs de transcription
(2011-12-01)La méthode ChIP-seq est une technologie combinant la technique de chromatine immunoprecipitation avec le séquençage haut-débit et permettant l’analyse in vivo des facteurs de transcription à grande échelle. Le traitement des grandes quantités de ... -
Développement d’un outil bio-informatique pour l’annotation des associations entre gènes et métabolites basée sur les voies métaboliques
(2018-06-27)La métabolomique permet l’étude de l’ensemble des métabolites (ex : lipides, sucres, acides aminés) par le biais d’une variété d’outils analytiques et de protocoles expérimentaux qui engendre des coûts importants. Actuellement aucun laboratoire ne peut ... -
Développement d’une méthode bio-informatique permettant de relier les gènes aux métabolites
(2016-03-23)L’objectif de ce projet était de faire le lien entre gènes et métabolites afin d’éventuellement proposer des métabolites à mesurer en lien avec la fonction de gènes. Plus particulièrement, nous nous sommes intéressés aux gènes codant pour des protéines ... -
Développement d’une méthode de simulation multi-échelle pour l’étude des grandes transformations dans les protéines
(2012-04-05)Les protéines accomplissent leur fonction dans la cellule grâce à leur faculté de changer de forme. Chaque classe de protéines peut se caractériser par une structure spécia- lisée partagée par ses membres avec un certain degré de variabilité. Tel est ... -
Dynamic epigenetic changes in immune responses to infection in human dendritic cells
(2015-02-19)La méthylation de l'ADN est une marque épigénétique importante chez les mammifères. Malgré le fait que la méthylation de la cytosine en 5' (5mC) soit reconnue comme une modification épigénétique stable, il devient de plus en plus reconnu qu'elle soit ... -
Effet du dosage génique sur les phénotypes cognitifs et psychiatriques
(2022-11-24)Les troubles neurodéveloppementaux (TND) constituent un problème de santé majeur, puisque 14% de la population en souffre, dont 48% sont des cas sévères. 10-15% des patients référés ont au moins un CNV considéré comme causal. Cependant, la majorité ... -
Epigenetic regulation of innate immune responses to infection
(2018-10-11)L’importance des modifications épigénétiques sur le contrôle de l’expression génique est clairement établie dans la littérature. Il demeure cependant incertain si les marques épigénétiques modulent l’activité transcriptionnelle ou si ce sont plutôt des ... -
Épistasie en médecine évolutive
(2024-03-28)La variabilité de la réponse aux médicaments entre les individus est en grande partie attribuable aux différences génétiques causées par des mutations génétiques. Ces mutations ont émergé au cours de l'évolution humaine et peuvent être neutres, bénéfiques ... -
Estimation des corrélations phylogénétiques entre paramètres d'évolution moléculaire et Traits d'histoire de vie
(2013-03-01)Depuis quelques années, l'évolution moléculaire cherche à caractériser les variations et l'intensité de la sélection grâce au rapport entre taux de substitution synonyme et taux de substitution non-synonyme (dN/dS). Cette mesure, dN/dS, a permis d'étudier ... -
Estimation des longueurs de branche et artefact sur la datation moléculaire
(2009-01-12)La phylogénie moléculaire fournit un outil complémentaire aux études paléontologiques et géologiques en permettant la construction des relations phylogénétiques entre espèces ainsi que l’estimation du temps de leur divergence. Cependant lorsqu’un arbre ... -
Étude de la relation entre structure, dynamique et fonction de l’ARN par l’ingénierie du ribozyme VS de Neurospora
(2019-03-07)L’activité et la fonction des ARN catalytiques sont étroitement liées à leur structure tridimensionnelle et à leur dynamique. Mieux comprendre la nature précise de ce lien permettrait potentiellement d’adapter ces ARN à de nouveaux substrats et ... -
Étude de l’évolution des génomes par duplications, pertes et réarrangements
(2014-05-01)La duplication est un des évènements évolutifs les plus importants, car elle peut mener à la création de nouvelles fonctions géniques. Durant leur évolution, les génomes sont aussi affectés par des inversions, des translocations (incluant des fusions ... -
Étude de l’hétérogénéité génétique de la leucémie myéloïde aigue par analyse scRNA-seq.
(2022-03-31)Les leucémies myéloïdes aiguës (LMA) sont un groupe de cancers résultant de la différenciation anormale et incomplète des cellules souches et progénitrices hématopoïétiques (HSPC), suite à l'acquisition séquentielle de diverses anomalies génétiques ... -
Étude des signatures géniques dans un contexte d’expériences de RNA- Seq
(2018-03-12)Le principal intérêt des expériences de séquençage d’ARN (RNA-Seq) est qu’elles consti- tuent une vue d’ensemble sur les procédés géniques intrinsèques de la cellule. L’état malade différe de l’état sain de par son usage génique et de ... -
Étude du transcriptome des cellules non tumorales de l’épithélium de surface de l’ovaire des femmes porteuses d’une mutation des gènes BRCA1 et BRCA2
(2009-12-13)Nous avons étudié le transcriptome de neuf échantillons d'ARN extraits de cultures primaires de cellules non tumorales de l’épithélium de surface de l’ovaire (NOSE) provenant de quatre donneuses non porteuses de mutation, deux mutées sur BRCA1 et trois ... -
Étude structurale conformationnelle des toxines de l’anthrax par cryo-microscopie et dynamique moléculaire
(2011-05-05)Les toxines de l’anthrax font partie de la famille des toxines A-B dans laquelle la moitié B se fixe à la membrane de la cellule permettant par la suite la translocation de la moitié A. Dans le cas de l’anthrax, la moitié B est représentée par le ...