The viral diversity in the EPIC4 cohort and the evolution of the size of the HIV-1 cellular reservoir in perinatally infected children and adolescents under cART

Abstract

Le VIH-1 reste incurable dû à sa diversité génétique et sa capacité à se cacher dans des réservoirs cellulaires. Certaines études ont révélé que le clade du VIH peut influencer l’issue de l’infection. D'autres études chez l'adulte et l'enfant ont montré que l'initiation précoce d'un traitement antirétroviral combiné (TARc) peut limiter la taille du réservoir et conduire à une suppression virale soutenue (SVS) après interruption du traitement. Ici, nous allons génotyper le clade de 64 participants et allons examiner l’influence de l'âge, du maintien de la SVS et de l'initiation précoce du TARc sur la dynamique du réservoir chez 67 enfants et adolescents verticalement infectés (cohorte EPIC4). Une analyse phylogénétique basée sur le gène gag du VIH-1 a démontré que la majorité était infectée par le clade C, puis A, B, CRF01_AE, CRF02_AG et G. La prévalence des sous-types non-B (77 %) est cohérente avec les tendances courantes et l'origine ethnique des participants. L'ADN viral a été mesuré dans les cellules mononuclées du sang périphérique. L'ARN induit par un analogue de prostratin a été mesuré dans des cellules T CD4+. Nous avons démontré la corrélation positive entre les deux techniques. La taille du réservoir était similaire entre enfants et adolescents et est restée stable aux différents temps de mesures. Les participants avec SVS présentaient les niveaux médians d'ARN et d'ADN les plus bas. Une longue durée de la TARc et l’initiation précoce du traitement chez ceux qui ont maintenu une SVS étaient associées à un réservoir plus petit. La présence de « blips » a influencé la trajectoire et la taille du réservoir.

HIV-1 infection remains incurable due to the genetic diversity of the virus and its ability to hide out of reach in cellular reservoirs. Some studies revealed that HIV clades may differently influence the outcome of HIV. Other studies in adults and children have shown that early initiation of combination antiretroviral therapy (cART) can limit the size of the reservoir and can lead to sustained viral suppression (SVS) after treatment interruption. Here we genotyped the HIV-1 subtype in 64 participants and examined how the dynamics of the viral reservoir in 67 children and adolescents with vertically acquired HIV infection was influenced by age, maintenance of SVS, and early initiation of cART (EPIC4 cohort). Following a phylogenetic analysis based on HIV-1 gag gene, we discovered the majority were infected with clade C, then A, B, CRF01_AE, CRF02_AG and G. The high prevalence of non-B subtypes (77%) is consistent with current trends and the ethnic origin of study participants. Viral DNA was measured in peripheral blood mononuclear cells, and RNA induced with an prostratin analog was measured in CD4+ T cells. We demonstrated the positive correlation between these two assays. The size of the reservoir was similar between children and adolescents and remained stable at different time-points. Participants with SVS presented the lowest median HIV-1 RNA and DNA levels. Longer duration of effective treatment and early initiation of treatment in participants who maintained SVS were associated with a smaller reservoir. The presence of « blips » influenced the trajectory of reservoir size over time.