Profil transcriptionnel de lymphocytes T CD4+ infectés par le VIH-1 de manière latente chez des individus sous trithérapie antirétrovirale

Abstract

L’infection par le VIH reste un problème de santé publique majeur, non seulement car il n’existe pas de vaccin préventif, mais aussi, car le traitement par les antirétroviraux n’offre pas de solution curative définitive. Malgré les progrès considérables dans l’accessibilité et l’efficacité des traitements l’arrêt du traitement chez les individus possédant une charge virale indétectable conduit presque invariablement à un rebond viral. Le VIH établit une latence dans certains lymphocytes T CD4+, et plus particulièrement dans les sous-populations mémoires « centrales » « transitionnelles » et « effectrices » (TCM, TTM et TEM, respectivement). Lorsque la pression antirétrovirale est interrompue, ces cellules sont capables de produire de nouveaux virions infectieux qui seront la cause du rebond viral. Il est généralement admis que l’un des facteurs importants dans la maintenance de la latence du VIH est une inhibition de l’élongation, de la polyadénylation et de l’épissage des transcrits viraux. Dans ce travail, nous avons développé une technique de RT-PCR sensible et robuste couplée à l’utilisation de standards ARN. Cette technique permet la quantification absolue de différents transcrits du VIH-1 au sein de lymphocytes T CD4+ totaux ainsi que dans les différentes sous-populations mémoires afin d’établir leur profil transcriptionnel à l’état d’infection latente. Nous avons ainsi identifié un blocage potentiel dans la production de transcrits long, polyadénylés et polyépissés à l’état de latence. Dans le contexte curatif du « Shock and Kill », nous avons également évalué l’impact de différents agents pharmacologiques sur la réactivation de la transcription du VIH-1 en analysant le changement du profil transcriptionnel des lymphocytes T CD4+. Nous avons conclu que l’utilisation de différentes familles d’agents anti-latence était plus efficace dans l’induction de transcription en combinaison plutôt qu’utilisés seuls.

Infection with HIV remains a serious public health issue as there is currently no preventive vaccine available, and the current treatment does not offer definitive curative results. Although significant progress has been made in efficacy and accessibility of treatment, its interruption in HIV-infected individuals who have undetectable viral load almost invariably leads to viral rebound. HIV establishes latency in CD4+ T cells and primarily in “central”, “transitional” and “effector” memory CD4+ T cell subsets (TCM, TTM et TEM, respectively). When the antiretroviral pressure is interrupted, these cells will produce new infectious virions that will be the cause of this viral rebound. It is generally accepted that one of the important factors regulating HIV latency resides in the inhibition of elongation, polyadenylation, and multiple-splicing of viral transcripts. We report in this work the successful generation of a robust and sensitive RT-PCR technique coupled with the use of RNA standards. This technique enables the absolute quantification of different transcripts of HIV-1 in total and in memory subsets of T CD4+ lymphocytes to establish their transcriptional profile in latent HIV-1 infection. We have identified potential blocks in transcription of long, polyadenylated and multiply spliced transcrits. In the curative context of the “Shock and Kill” approach, this work has also measured the impact of different latency reversing agents on the reactivation of HIV-1 transcription by analysing the changes in the transcriptional profile of CD4+ T lymphocytes. We have concluded that the utilization of different families of latency reversing agents are more efficient in the induction of transcription when combined rather than when used alone.