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dc.contributor.advisorMichnick, Stephen
dc.contributor.advisorLartillot, Nicolas
dc.contributor.authorMatala, Ilunga Benjamin
dc.date.accessioned2017-05-24T19:20:02Z
dc.date.availableMONTHS_WITHHELD:24fr
dc.date.available2017-05-24T19:20:02Z
dc.date.issued2017-03-30
dc.date.submitted2016-12
dc.identifier.urihttp://hdl.handle.net/1866/18662
dc.subjectStructure spatiale (3D) du génomefr
dc.subjectOrganisation fonctionnelle du génomefr
dc.subjectRégulation de la transcriptionfr
dc.subjectDonnées de type 3C (Hi-C)fr
dc.subjectCorrection de données 3Cfr
dc.subjectCapture de la conformation des chromosomesfr
dc.subjectGenome spatial (3D) structurefr
dc.subjectGenome functional organizationfr
dc.subjectTranscriptional regulationfr
dc.subjectChromosome conformation capture (3C)fr
dc.subject3C data correctionfr
dc.subject.otherBiology - Bioinformatics / Biologie - Bio-informatique (UMI : 0715)fr
dc.titleUne correction à l’échelle et progressive des données Hi-C révèlent des principes fondamentaux de l’organisation tridimensionnelle et fonctionnelle du génomefr
dc.typeThèse ou mémoire / Thesis or Dissertation
etd.degree.disciplineBio-informatiquefr
etd.degree.grantorUniversité de Montréalfr
etd.degree.levelMaîtrise / Master'sfr
etd.degree.nameM. Sc.fr
dcterms.abstractAu cours des dernières années, de nouvelles évidences semblent indiquer que, tout autant que sa séquence, l’organisation d’un génome dans l’espace et le temps est importante pour comprendre la fonction de celui-ci. Une des avancées fonda- mentales sur le sujet a été de présenter à l’échelle du génome la carte des inter- actions ADN-ADN. Ces interactions sont essentiellement de 2 types, soit entre chromosomes ou entre régions du même chromosome. Par la suite, la modélisa- tion a permis de visualiser et appréhender la structure tridimensionnelle (3D) du génome à partir des données 3C, ou d’une modélisation purement théorique. Une question importante et centrale demeure, soit de résoudre les mécanismes res- ponsables de l’organisation spatiale et fonctionnelle du génome. Notamment, une question est de savoir comment des processus nucléaires tels que la transcription affectent la structure du génome. Cependant, l’idée selon laquelle les données de types 3C capturent cette information dans la levure est remise en question par le fait que les modèles théoriques du génome récapitulent les caractéristiques mar- quantes soulignées par 3C. Pour répondre à cette question, nous avons conçu une approche qui, pour évaluer l’importance d’une interaction, se base sur la distri- bution d’interactions entre les 2 régions d’ADN mises en contacts. Nos résultats supportent l’hypothèse selon laquelle les éléments fonctionnels et propres aux données expérimentales de la structure 3D du génome se forment d’une manière spécifique à l’échelle de l’interaction et au type d’interactions. Par ailleurs, nos résultats indiquent qu’un grand nombre de facteurs de transcription induisent la proximité spatiale des gènes dont ils régulent l’expression.fr
dcterms.abstractOver the last decade, accumulating empirical evidence suggest that, as much as its sequence, a genome spatiotemporal organization is essential to understand it’s biological function. One of the major breakthroughs has been chromosome conformation capture (3C) experiments presenting DNA-DNA contact for whole genomes at unprecedented resolution (5-10kb). Along with genome-wide maps of DNA contacts came genome 3D modelling from experimental 3C data, and even from purely theoretical and biophysical basis. However, the mechanisms underlying the regulation of the genome spatial functional organization are still not well understood. Among other questions, how the regulation and event of nuclear processes such as transcription modulate genome structure or how genome structure affect these in turn is still not fully resolved. Moreover, computational models of S.cerevisae genome have recapitulated the hallmarks at larger scale of its 3D features. In order to contrast genome structural features arising from the event of biochemical and molecular activity, we have develop a method assessing the significance of structural features. The underlying principle is to consider for a given interaction, the two DNA regions put in contact and the distribution of existing interactions between these before assigning significance to the selected interaction. Using this method, we demonstrate that structural features resulting from potential biochemically active processes occur at precise scale on the genome. Our results also highlight that exact nature of the interaction (between vs across chromosomes) is crucial to such events. Finally, we have also found that a large portion of transcription factors have their targeted genes in spatial proximity.fr
dcterms.languagefrafr


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