Modélisation de la structure 3-D des ARN par satisfaction de contraintes

Abstract

L'inférence d'un modèle tridimensionnel (3-D) d'une molécule d'ARN à partir d'informations biochimiques de faible résolution est une tâche complexe. Le développement de méthodes efficaces et objectives de modélisation est essentiel à la compréhension des mécanismes moléculaires impliquant des ARN. Le présent travail propose trois ajouts importants de ce domaine. Dans un premier temps, une définition de l'espace des conformations d'un ARN est établie et la technique de retour-arrière est décrite de façon à permettre une exploration complète de cet espace. Ensuite, un formalisme basé sur la logique floue est présenté. Cette approche permet d'utiliser l'information provenant de séquences multiples et est appliquée pour la modélisation du ribozyme activé par le plomb. Finalement, la flexibilité d'un système de modélisation 3-D utilisant une approche de satisfaction de contrainte est mise en évidence par l'ajout d'un nouveau type de contrainte dans l'engin de recherche, permettant la modélisation efficace de multimères cycliques. Ces ajouts permettent d'élargir le spectre des informations utiles à la modélisation 3-D des ARN et facilite l'intégration de nouveaux types d'informations à l'intérieur d'une méthode systématique. Les résultats obtenus sur des projets de modélisation spécifiques (ribozyme activé par le plomb et pRNA de çi>29) permettent de confirmer la pertinence de cette approche.