Variabilité Génétique des Populations Ouest-Africaines

Abstract

Notre patrimoine génétique dévoile, de plus en plus, les passerelles démogénétiques d’une susceptibilité plus accrue de certains individus à des maladies infectieuses complexes. En vue d’une caractérisation de la variabilité génétique des populations ouest-africaines, nous avons analysé 659 chromosomes X au locus dys44 qui comprend, 35 SNPs et un microsatellite distribués sur 2853 pb en amont et 5034 pb en aval de l’exon 44 du gène de la dystrophine en Xp21.3. Les génotypes obtenus, par ASO dynamique et électrophorèse sur gel d’acrylamide, ont servi à la détermination des haplotypes. Des paramètres comme la diversité haplotypique (G) et l'indice de fixation (Fst) ont été calculés. Des analyses en composantes principales ainsi que multidimensionnelles ont été réalisées. Sur 68 haplotypes détectés, 26 sont nouveaux, et cette région, avec une diversité haplotypique moyenne (Gmoy) de 0,91 ± 0,03, se révèle beaucoup plus hétérogène que le reste du continent (Gmoy = 0,85 ± 0,04). Toutefois, malgré l’existence de disparités sous régionales dans la distribution des variants du marqueur dys44, l’AMOVA montre d’une manière générale, une faible érosion de l’éloignement génétique entre les populations subsahariennes (Fst = 1,5% ; p<10-5). Certains variants tel que l’haplotype eurasien B006 paraissent indiquer des flux transsahariens de gènes entre les populations nord-africaines et celles subsahariennes, comme l’exemplifie le pool génétique de l’une des populations ubiquitaires de la famille linguistique Nigéro-congolaise : Les Fulani. Nos résultats vont aussi dans le sens d’un héritage phylétique commun entre les Biaka, les Afro-américains et les populations de la sous-famille de langues Volta-Congo.

The unravelling of our genetic heritage has revealed a demogenetic segueway leading to an increased susceptibility of certain individuals to complex infectious diseases. In order to characterize genetic variability among the West African populations, we analyzed 659 X chromosomes at the dys44 locus which comprises 35 SNPs and a microsatellite spanning a region 2853 bp upstream and 5034 bp downstream of exon 44 of the dystrophine gene in Xp21.3. The resulting genotypes, obtained by dynamic allele specific oligonucleotide hybridization and acrylamide gel electrophoresis, were used for haplotype construction. Gene diversity parameters such as the haplotypic diversity (G) and fixation indexes (Fst) were estimated. Multidimensional analysis of the data, including principal component analysis was also performed. Of the 68 distinct haplotypes detected in our data set, 26 were novel. The mean haplotypic diversity (Gmoy) was 0.91 ± 0.03 for this West African region which was shown to be more heterogeneous than the rest of the continent (Gmoy = 0.85 ± 0.04). However, despite certain sub-regional differences in the distribution of dys44 variants, the analysis of molecular variance showed an overall decline in the genetic distance between Sub-Saharan populations (Fst = 1.5% ; p<10-5). Certain variants, such as the Eurasian-specific haplotype B006, appear to suggest a Trans-Saharan gene flux between North African and Sub-Saharan populations as exemplified by the observed genetic pool of one of the ubiquitous populations of the Nigerian-Congolese linguistic family: The Fulani. Our results are also in agreement with a phyletic heritage between the Biaka, the Afro-Americans and the populations of the Volta-Congo language subfamilies.